Program Penelitian dan Pengembangan Yayasan Pusaka Cendekia Indonesia berfokus pada penguatan riset multidisipliner dalam bidang bahasa, sastra, pendidikan, sosial-humaniora, kebudayaan, filologi, manuskrip, dan pengembangan masyarakat. Program ini mendorong kolaborasi antara akademisi, peneliti, mahasiswa, komunitas, serta mitra nasional dan internasional untuk menghasilkan penelitian yang berkualitas, relevan, inovatif, dan berdampak bagi pengembangan ilmu pengetahuan dan masyarakat.